มูลไส้เดือนประกอบด้วยจุลินทรีย์ สองสามร้อยชนิด มีทั้งต้องการอากาศและไม่ต้องการอากาศ
หากบรรจุถุงที่อากาศเข้ามากเกินไป ก็จะเก็บรักษาคุณภาพไว้ได้ไม่นาน(3-6 เดือน) เพราะจะมีโอกาศแห้ง หรือชื้น ค่อยๆ เปลี่ยนสภาพไป และหากบรรจุในถุงหรือภาชนะที่อากาศเข้าไม่ได้เลย จุลินทรีย์ที่ต้องการอากาศก็ลดจำนวนลงเรื่อยๆ อาจตายหรือเปลี่ยนสภาพเป็นสปอร์ รอเวลาพบความเหมาะสมอีกครั้ง
สิ่งที่ทำให้ทราบ หรือสามารถพิสูจน์ทราบด้วยตาปล่าว ว่ามูลไส้เดือนนั้นมีจุลินทรีย์อยู่มากน้อย หรือไม่ คือกรณีบรรจุในถุงพลาสติก ที่เป็นถุงใหม่ๆ ซีลดี จะสังเกตุได้ใน 1-2 วัน แรก ว่าถุงจะค่อยๆป่อง หรือยุบคล้ายถุงสูญญากาศ และหากใช้ถุงฟรอยด์ หรือถุงบรรจุมีความหนาและซีลสนิท ก็จะสังเกตุสภาพเช่นนี้ได้ชัดเจน ดังนั้นผู้จำหน่ายจะใช้เข็มปลายแหลมเล็กๆ เจาะไว้ 1-3 รู เพื่อให้อากาศเข้าออกได้เล็กน้อย ก็จะสามารถคงคุณภาพมูลไส้เดือนไว้ได้นาน 6 ถึง 12 เดือน หรือได้ถึง 2 ปี